Nell’immediato dopoguerra esponenti della Resistenza si pongono il problema della salvaguardia delle carte prodotte dal movimento partigiano, per tutelarle e permetterne la consultazione a chi cerca di ricostruire l’esperienza di lotta appena conclusa. Dopo la nascita di alcuni Istituti storici regionali della Resistenza, nel 1947 si apre un confronto non facile con gli organi dello Stato, che si conclude con la decisione del Consiglio superiore degli archivi di riconoscere gli Istituti quali enti privati autorizzati a conservare i documenti della Resistenza.

A tale scopo nasce nel 1949 l’Istituto nazionale per la storia del movimento di liberazione in Italia, e inizia a strutturarsi una rete di istituti provinciali o regionali della Resistenza in cui il primo a costituirsi, il 18 novembre 1950, è proprio quello di Modena. Promosso da esponenti della Resistenza di area azionista, socialista e comunista – per poi allargarsi anche a partigiani di area cattolica – ha come presidente Ennio Pacchioni e fissa la sua sede nell’ufficio del sindaco di Modena Alfeo Corassori, dove rimane fino al 1958.

Dalla seconda metà degli anni Cinquanta cominciano a delinearsi gli ambiti di attività a cui si dedicherà per tutta la seconda metà del Novecento: la divulgazione, la conservazione degli archivi, l’editoria, la didattica e una biblioteca specializzata.

Con la consapevolezza che l’orizzonte del 1943-1945 non sia sufficiente a comprendere il senso della Resistenza, iniziano ricerche su periodi più ampi, di cui sono accolti i patrimoni archivisti e librari, e si estendono gli ambiti di attività, con la collaborazione alla realizzazione del Museo monumento al deportato politico e razziale (1973) e del Museo della Repubblica partigiana di Montefiorino (1979).

Questo processo trova una sua formalizzazione con la modifica dello statuto nel 1987, che trasforma l’Istituto in Istituto storico della Resistenza e della società contemporanea. Contestualmente emerge una nuova generazione di studiosi e archivisti che affianca i rappresentanti delle associazioni partigiane, per poi assumere la direzione dell’Istituto nel corso degli anni Novanta. La nomina nel 1998 a presidente di un ricercatore storico (dopo tre presidenti provenienti dall’esperienza resistenziale), sancisce questo passaggio generazionale e permette all’Istituto di affrontare le sfide del nuovo secolo.  

L’Istituto storico ha sede nel complesso dell’ex Mercato ortofrutticolo in via Ciro Menotti.