Fondato come Collegio dei Nobili della Madre di Dio e di San Dionigi Areopagita nel 1626 per iniziativa del conte Paolo Boschetti, sacerdote, e di una congregazione di laici devoti animati da intenti di rinnovamento civile e religioso, nel corso dei suoi quattrocento anni di storia l’attuale Fondazione Collegio San Carlo ha subito numerose trasformazioni. E dopo essere stata Studio pubblico, ovvero università tra XVII e XVIII secolo, ed essersi dedicata alle scuole medie e agli studi liceali tra XIX e XX secolo, nella seconda metà del Novecento ha visto la sua più recente “rivoluzione” istituzionale.

Le trasformazioni sociali, economiche e politiche dell’Italia del secondo Novecento non possono non coinvolgere la secolare istituzione modenese, che si trova così di fronte alla necessità di ripensare la propria struttura istituzionale e l’arco delle proprie attività. La discussione sulla natura giuridica del San Carlo si chiarisce nel 1954 con il decreto del Presidente della Repubblica che ne sancisce la natura di ente privato. Ciò apre la strada, pur tra discussioni piuttosto accese che coinvolgono numerose istituzioni cittadine, alla statalizzazione delle scuole medie (1964) e del Liceo Ginnasio (1970) e alla definizione della nuova struttura istituzionale.

Come recita il nuovo Statuto del 1971, «la Fondazione Collegio San Carlo [...] si propone ora la formazione civile, intellettuale e religiosa dei giovani e l’elaborazione e diffusione della cultura con particolare riferimento alle scienze sociali e religiose» (Art. 1) e, a tale scopo, «provvede alla gestione di: a) un Collegio Universitario; b) un Centro Culturale; c) un Centro Studi Religiosi; d) una Biblioteca; e) Corsi di insegnamento e altre iniziative culturali volte all’approfondimento e all’aggiornamento dei problemi della società e del tempo» (Art. 2). Viene così completato il passaggio da fondazione di istruzione a fondazione culturale, con la definitiva apertura a tutta la cittadinanza delle sue attività.

Il percorso avviatosi all’inizio degli anni Settanta si completa nel 1995 con il ritorno di un autonomo percorso universitario in Fondazione grazie alla creazione della Scuola Internazionale di Alti Studi, una scuola di dottorato nelle discipline umanistiche il cui titolo di studio, dal 1999, è riconosciuto come equipollente a quello rilasciato dalle università.