Tra gli ostacoli che il fascismo incontra nel permeare la società il maggiore è sicuramente rappresentato dalla Chiesa. L’Italia è un paese cattolico in cui la pratica religiosa è diffusa in modo capillare e massiccio e le parrocchie rappresentano in questa fase storica l’unico riferimento di aggregazione sociale e culturale. Non è facile quindi governare senza trovare con la Chiesa un compromesso. Mussolini si rende subito conto di questo e cerca un avvicinamento con la Chiesa già nei primi anni di regime. Abbandona i toni anticlericali del primo fascismo e si mostra prodigo di riconoscimenti per la missione della Chiesa, concessioni che si concretizzano nella riforma scolastica del ministro Giovanni Gentile nella quale sono previste l’insegnamento della religione nelle scuole elementari e l’introduzione dell’esame di Stato al termine di ogni ciclo di studi (misura da tempo invocata dai cattolici nella prospettiva di una equiparazione tra scuole pubbliche e private). Vittima di questo primo avvicinamento fra Chiesa e fascismo fu proprio il Partito Popolare di Don Luigi Sturzo, considerato anche dalle stesse gerarchie ecclesiastiche un ostacolo ai rapporti con lo Stato. Nel 1923 Mussolini pretende le dimissioni dei ministri popolari e poco dopo lo stesso Don Sturzo, sotto le pressioni del Vaticano, lascia la segreteria del PPI. Non è abbastanza. Mussolini approfitta della disponibilità delle gerarchie vaticane nei confronti del regime per iniziare ad intavolare in gran segreto, nell’estate del 1926, le trattative verso la composizione dello storico contrasto fra Stato e Chiesa.  Due anni e mezzo più tardi, l’11 febbraio 1929, vengono stipulati i Patti Lateranensi, che prendono il nome dai palazzi del Laterano, luogo in cui Mussolini e il segretario di Stato vaticano cardinal Pietro Gasparri si incontrano per la firma. I Patti constano di tre parti: un trattato internazionale, con cui la Chiesa pone fine alla cosiddetta "questione romana" riconoscendo lo Stato italiano e la sua capitale e vedendosi riconosciuta la sovranità sulla Città del Vaticano. Una convenzione finanziaria con cui lo Stato italiano si impegna a risarcire con una forte indennità la Chiesa per la perdita dello Stato pontificio. Un concordato regolante i rapporti interni fra Stato e Chiesa che intacca in modo notevole la laicità dello Stato. Tra le norme più importanti vi sono il matrimonio religioso con effetti civili e l’insegnamento della dottrina cattolica come fondamento dell’istruzione pubblica. Per il regime fascista è un successo propagandistico, può presentarsi come autore di quella conciliazione nella quale avevano fallito tutti i governi liberali.  Il Vaticano realizza però i vantaggi più importanti. Acquista una posizione di privilegio nei rapporti con lo Stato in cambio della rinuncia al potere temporale perduto ormai da moltissimi anni, rafforza la sua presenza nella società, mantiene intatta la rete legata all’associazionismo cattolico.