Nel 1931 Guido Corni, ex federale fascista e già governatore della Somalia, fonda a Modena una Scuola di perfezionamento in patologia coloniale sia per formare medici, infermieri, funzionari coloniali e veterinari civili e militari, sia per offrire corsi di specializzazione a infermieri e missionari (ottenendo così anche il favore del clero modenese). Alla guida dell’istituto, viene posto il bolognese Giuseppe Franchini, considerato il maggior esperto in materia, con l’obiettivo – condiviso da tutte le autorità fasciste cittadine – di creare un centro di ricerca unico in Italia e raro all’estero, che avrebbe potuto contribuire alla crescita dell’Università, anche attirando maggiori finanziamenti statali.

Grazie a Franchini, che detiene la cattedra di Patologia coloniale, l’istituto diventa un vero e proprio centro di studi sulle malattie coloniali su modello dell’Istituto Pasteur di Parigi, con cui il professore collabora da tempo. L’istituto si sistema in un primo momento nei locali che fino ad allora avevano ospitato la Scuola di Veterinaria, dividendo l’edificio di via Camatta con l’Istituto zootecnico, e comprende un’emeroteca, una biblioteca specializzata, un museo coloniale composto da fotografie, animali, vegetali e colonie batteriche raccolti da del professore bolognese e dai suoi allievi e, dal 1935, anche una clinica.

L’Istituto viene comunque elevato a simbolo del colonialismo fascista e la fama internazionale di Franchini viene inevitabilmente strumentalizzata da parte del regime, soprattutto per l’attività di propaganda per la guerra d’Etiopia del 1935-1936.

Nel 1940, dopo la morte del direttore (1938), Corni dà origine alla Fondazione Franchini, tesa al reperimento di fondi per la sopravvivenza dell’Istituto (ora Istituto delle Malattie Tropicali e Subtropicali), che, con annesso il Museo Coloniale, viene trasferito presso la prestigiosa e più ampia Villa Pentetorri. A seguito di alcune vicende giudiziarie relative allo stabile, da cui, nel 1943, Guido Corni esce sconfitto, la Clinica delle malattie tropicali viene trasferita nei locali dell’Ospedale in via Berengario e alla sua direzione viene posto il prof. Giuseppe Acanfora.