Il Palazzo dell’Università risale alla seconda metà del XVIII secolo grazie al progetto dell’architetto reggiano Andrea Tarabusi e dell’architetto civile Gian Francesco Zannini. Prima di questa struttura, lo ‘studium’ modenese – nato già nel XII secolo – aveva sede nel Palazzo comunale, poi, nel 1682, nel collegio San Carlo, nei locali che la Congregazione della Beata vergine e di San Carlo avevano acquistato a questo scopo. Per allargare gli spazi, ormai troppo stretti per il numero di studenti, il rettore Bartolomeo Sassarini acquista nel 1751 l’adiacente casa Bellencini, a ovest della sede, che lascia in testamento alla Congregazione di San Carlo nel 1760. Grazie al lavoro di Tarabusi e Zannini, ne risulta un palazzo imponente e solenne, con un ampio atrio e scalone d’onore, con le cancellate in ferro battuto realizzate da Gian Battista Malagoli

Nel 1840 Francesco IV d’Austria Este approva l’acquisto della casa del conte Tommaso Frignani, lasciata in legato alla Sagrestia della chiesa di S. Carlo e posta in angolo tra via Castellaro e corso Canalgrande per aggregarle al complesso del palazzo universitario. Sarà il prof. Arturo Prati dal 1921 a occuparsi della ristrutturazione di questo secondo corpo di fabbrica, che manterrà in stile liberty, distinto rispetto all’edificio originario. Alla cesura estetica corrisponde una differenziazione funzionale: la parte settecentesca viene riservata al Museo di zoologia e anatomia comparata, a uffici e alla sede del rettorato; i locali delle case annesse ospitano l’Istituto matematico, la facoltà di Scienze e la biblioteca giuridica. Nel 1952 viene acquisita anche casa Mariani, prospiciente a corso Canalgrande e riadattata dall’ingegnere Remigio Casolari. Questo nuovo corpo di fabbrica ospita gli uffici amministrativi, mentre il palazzo settecentesco fa spazio ad alcune aule di Giurisprudenza.

Il trasferimento della facoltà di Giurisprudenza nell’ex convento di San Geminiano e della biblioteca nell’ex convento di San Paolo permette di dedicare l’intero edificio alle attività amministrative e storico-culturali, al Museo di zoologia e anatomia comparata, alla Galleria dei rettori e al lapidario, dove sono collocati i busti di alcuni insigni docenti modenesi e lapidi in memoria di eventi storicamente rilevanti.